由于剥离出来的医药物流企业没有经历一个第三方【药品物流】企业的一般发展过程，存在很多的第三方【药品物流】能力的不足。第一，配送网络单一，配送网络主要从以前的药品进、销的路线和节点演化，分布不合理，没有从第三方物流系统规划配送网络的角度设计。第二，信息化能力低下，医药物流信息化建设落后，还没有一个适应的成熟的信息化方案。许多企业还没有能力利用信息化来提高效率。第三，医药物流企业采用的是仓库、车辆和人员的堆积方式，实现以人工为主的商品储运，人员素质不高，当面对更大的商品吞吐，效率、速度、准确与成本等因素对发展造成影响。据有关统计，目前国内医药商业的平均物流成本占销售额的比重达10%以上，而美国医药批发商的该项指标仅为2.6%；医药商业纯利润率仅有0.72%，全美医药批发商利润率为1.55%。因此物流手段与发达国家相比还有不小的差距。
(4) 专业管理人才缺乏
目前有估计，能够真正称得上医药物流人才的仅超过百人。当前全国急需医药物流人才2,000人左右，这也就是说社会上【药品物流】人才的比例不足总需求量的1/20，并且随着【药品物流】的持续升温，这个差距还会悬殊。造成医药物流专业人才的缺乏主要原因有三个方面：第一，由于很多的医药企业对【药品物流】的认识还只停留在浅层次的模糊概念上，以至于很多管理都认为医药物流不过是医药运输与仓储的简单相加。在这种观念指导下，使这些对物流认识本身就一知半解的高层管理者们错误地认为: 高薪聘请医药人才还不如多找些仓库保管员和货物运输员，因此许多所谓的物流人才实际上只是些操作工而已。这就导致人才供给被假性扩大，从而真正意义上的，对复合型物流人才、战略型人才的需求就不像原本那么强烈，这是不利于医药物流复合型人才培养的。第二，由于在整个物流人才管理过程中还存在着种种疏漏，从而导致物流人才存在直接或间接的流失，比如传统的【药品物流】薪酬激励作用不大，员工的培养计划根本没有或者有但是不成熟等等。第三，部门整合不彻底。物流部门作为一个协调生产与销售的服务部门，往往其成员所做出的战略决策是针对企业若干职能部门的，所以【药品物流】人员的积极性就很大程度上取决于整个组织间的协调合作。